中医骨伤科学在传承南少林骨伤著名专家林如高学术经验基础上，开创了我国中医骨伤专业的教育先河，自1981年开始招生以来，逐步建立了五年制本科、硕士研究生、博士研究生结构完整、层次齐全的人才培养体系。1993年成为国家首批八个国家中医药管理局重点学科之一，已三次被国家中医药管理局列为重点学科，其中国家中医药管理局“十一五”重点学科验收获优秀等次，2023年获评国家中医药管理局高水平中医药重点学科。学科拥有中医骨伤及运动康复教育部重点实验室、国家中医药管理局骨重建生物力学实验室，为第一批国家中医药管理局学术流派工作室建设单位，第二批全国中医学术流派传承工作室建设单位。

中医骨伤科学是学校的优势学科，拥有国家精品课程、国家级精品资源共享课、国家级一流虚拟仿真课程、国家线下线下混合一流课程，相关教育教学改革获得福建省教学成果特等奖、一等奖等奖项，主编多部“九五”至“十四五”《中医骨伤科学基础》、《中医伤科学》、《中医骨伤科学》、《中医骨病学》、《骨伤科影像学》、《骨伤内伤学》等教材。先后承担国家重点研发计划“中医药现代化”重点专项、国家自然科学基金、教育部重点项目、国家卫生部、人事部及福建省科技重点项目等高层次科研项目，获福建省科技进步一等奖、中国康复医学会科学技术一等奖等多项突出科研成果。创造了独特的南少林现代骨伤科思想体系，形成了南少林特色的中医骨伤科思想流派，南少林理筋整脊疗法列入国务院第五批国家级非物质文化遗产代表性项目名录。